Sempat bertugas sebagai dokter di Pulau Buru, Ahmad Sujudi kemudian melanjutkan pendidikan spesialis bedah di universitas yang sama.
Usai menamatkan pendidikan spesialis, dia bertugas sebagai dokter di RSUD Bengkulu. Ahmad Sujudi kemudian mengikuti pendidikan manajemen rumah sakit di University of New South Wales, Sydney, Australia.
Baca Juga: Ini Kata JK soal Pertemuannya dengan Prabowo
Sekembalinya ke RSUD Bengkulu, dia diangkat sebagai direktur.
Pada tahun 1994, Ahmad Sujudi dipromosikan sebagai direktur RSUP Dr. Sardjito di Yogyakarta.
Selama bertugas di Yogyakarta, dia juga mengajar di FK UGM pada program S2 Ilmu Kesehatan Masyarakat di peminatan manajemen rumah sakit.***