Selain korban jiwa, bencana juga menyebabkan ribuan warga terpaksa meninggalkan rumahnya dan menempati lokasi-lokasi pengungsian. Berdasarkan informasi Badan Penanganan Bencana Daerah (BPBD) Provinsi Papua, terdapat lebih dari 1.000 warga yang mengungsi.
Saat ini proses penanganan bencana banjir masih terus dilakukan Kementerian PUPR bekerja sama dengan tim gabungan dari BNPB, TNI, Polri, BPBD Provinsi Papua, Pemerintah Kota Jayapura, relawan dan warga setempat.