Selain sebagai hunian bagi mahasiswa berprestasi penerima beasiswa, AMN Surabaya juga difungsikan untuk kegiatan pembinaan yang pengelolaannya dibawah Kementerian Pendidikan, Kebudayaan Riset, dan Teknologi (Kemendikbud Ristek) yang akan bekerja sama dengan Badan Intelijen Negara (BIN), TNI, Polri, dan Pemprov terkait dalam pengelolaan dan pembinaan yang akan dilakukan di AMN.